撤退行动是从五月二十八日至二十九日的夜间开始的。一支由英国巡洋舰，驱逐舰与商船编成的舰队在四个夜晚共撤走一万七千人。在夜间短暂的几小时之内，从开阔的海滩上英国能撤出远征军的二分之一，这确实是一个壮举。对此，第四航空队的指挥官当时并未充分认识到在克里特岛之战的最后阶段第8 空军军领受的主要任务是支援地面部队。。从撤退一开始，英国人便把五月三十一日至六月一日的夜间定为撤退的最后日期。他们感到任何进一步的损失与受创对地中海舰队来说都将不堪重负。情况果然如此，除“佩思”号巡洋舰和三艘驱逐舰受创之外，“加尔各答”号防空巡洋舰在距亚历山大港一百英里的海面上又被一架“容”一88型轰炸机击沉，这确实更加重了英国海军为保障从斯法基亚村的撤退所受的损失。空军中将特德把留在埃及的三个皇家空军战斗机中队用于在昼间执行护航掩护任务。这总算避免了更严重的损失。
人们通常把英军的死、伤、被俘数字估计为一万五千人。但一个更可靠的报告认为是一万五千七百四十三人。同时，海军还损失二千零十一人。现在，已可以对德军在克里特岛作战中的损失做出可靠的估计。这个数字远低于丘吉尔原先所做出的“击毙五千多名伞兵”，总计打死打伤一万五千名德军的估计。在对所有的官方与非官方的资料进行认真的研究之后，估计在参加这次作战总数为二万二千名德军中，死、伤、失踪人数只有六千五百八十人另外，总的损失达一百五十一架“容克”式52型飞机，这一点对运输机联队和新飞行员的训练都有不利的影响。。
尽管我们所说的这个数字远远低于丘吉尔所做的估计，但要高于德军在整个巴尔干之战中的全部伤亡数字。在巴尔干之战中，德军死、伤、失踪总数为五千六百五十人。在克里特岛之战中，德军以较小的代价赢得了难得的胜利。这一胜利使德军的登陆作战似乎成为不可战胜的了。
克里特岛的失陷对后来战争进程的影响