西藏地方的社会矛盾时常出现紧张局面，忽必烈改“元”之后，就对吐蕃地区加强了中央的管辖。在元朝，对吐蕃地区的管理，采取了设立宣政院，宗王分师与帝师的统领，完善地方机构和设立驿站，统计户籍等措施。由于吐蕃地区封建制的确立与藏教的形成相辅而行，在经济上也出现了两者同步发展的局面，因此元朝在吐蕃地区的管理也多采用政教合一的方式。其中最重要的一点就是用具有政教合一身份的帝师对吐蕃地区进行管理。
政教合一的政体对吐蕃地区经济的发展起到了积极作用。元政府赐给帝师庄园土地，使帝师成为吐蕃地方的大封建主。这些是按照圣旨赐给八思巴的土地，不负担府库及驿站等汉地、吐蕃的任何税赋差役。而由于帝师的特殊身份，他领导下的乌思藏宣慰使司及下辖的诸万户、千户，吐蕃等处的各路宣慰使、司、都元帅府及安抚司、招讨司、元帅府等长、使，也因拥有一定数量的庄园而成为大小不等的农奴主。这就使吐蕃的经济形式具有了封建性质，促进了当地的经济发展。
对此，邱树森先生在《元朝史话》中说：西藏地方由元朝中央政府统一管辖后开始有了比较安定的环境，这对于西藏的社会经济的发展是有利的。当时西藏与内地有驿站相通，物资交流很频繁，元政府在碉们、黎州二地设置榷场，便利了汉藏人民进行茶、马、绢、帛的交换。
在元朝多民族统治的庞大帝国中，吐蕃在农牧业稳定发展的基础上，手工业与商业也有了一定的发展。吐蕃的手工业多以家庭为生产加工单位。牦牛制作的帐篷以及羊毛织成的各种织物，种类繁多，质量精美，“毛布”“花毯子”“藏地哔叽”“氆氇”等，都广受人们喜爱。乌思藏的细氆氇尤为驰名，是上贡的佳品。至于金、银、象牙、珍珠、银珠的加工品，和吐蕃当地的特产藏红花、木香、牛黄、虎、豹、水獭皮张、麝香等，既是贡品，也有一部分进入市场成了贸易商品。
因元政府的扶持，吐蕃文化在这一时期也有了相当大的发展。这种发展不是单方面的，而是相互促进的。以萨班与八思巴叔侄贡献最大。萨班与阔端商定吐蕃归附蒙古的条件后，留在了凉州，从事佛教工作。他发现当时蒙古人使用的畏兀儿蒙文有不完备的地方，无法标注、翻译一些梵文、藏文。为了传播翻译经文的需要，萨班便对畏兀儿蒙文加以完备，在畏兀儿字母的基础上增加了藏文表音字母，形成了一套新的字母。这套字母的出现对后来八思巴创造蒙古新字无疑有很大的影响。
成吉思汗所创造的蒙古文字存在许多不完善的地方，这一点忽必烈也意识到了。在他于１２６０年宣布登上蒙古汗位后，就命八思巴开始制定蒙古新字。八思巴同萨班一样，也是借用藏文字母，创制了４１个蒙古字母以拼写蒙语，这一新的拼音文字在１２６９年正式公布使用。元朝统治时期，官方文书一律用八思巴创制的蒙古新字译写。今天我们从保留下来的元代碑刻上，还能看到这种文字。
１２８０年，八思巴去世后，历代藏教首领成为“帝师”，受朝廷的委托，执行朝廷命令，管理西藏政事，就成为一项没有明文的规定。