此后，印尼经历了长期动荡和沉沦，用十余年时间才逐步摆脱绝望国家状态，确立新的政治体制，重拾经济稳定发展，但至今仍未完全恢复元气。五月骚乱的直接导火索是印尼受到发端于1997年的亚洲金融危机的重创，持续30年的繁荣毁于一旦，本币暴跌，燃油和粮食价格暴涨，民怨沸腾。披露的大量事实则表明，印尼总统以苏哈托女婿、陆军战略后备部队司令普拉博沃中将为代表的苏氏家族和军方内部一些人，为转移民众视线、强行实施军管、延长家族统治而阴谋策划的枪杀学生、残害华人、挑动种族矛盾等卑劣行动，才是五月骚乱的幕后黑手。
1998年5月13日～15日，印尼雅加达等地发生严重骚乱，数个城市成为死亡之城。数千暴徒焚烧办公大楼、商店、住宅、汽车，有组织地针对华裔进行烧、杀、奸、掠。导致1200多人在骚乱中丧生，5000多间华人商店和住宅惨遭烧毁，更令人发指的是，印尼暴徒还在光天化日之下，丧心病狂地强暴了数百名华人妇女。据妇女组织说，骚乱中约有170名华人妇女被强暴和****，其中有20多名华人妇女因此而重伤死亡，包括一个9岁和一个11岁女童。另据估计被强奸的华人妇女总数多达300人。
据印尼全国人权委员会和印尼人权志愿者组织的调查，从一开始，排华行动就是有组织有预谋的，愈来愈多证据显示，大部分针对华人的袭击，都由有组织的团体煽动。人权委员会委员哈比昂说，由于很多被袭击或强奸个案，都明显地有组织行动，而且受害者均指暴徒剪着军人的发型，有关救援人员怀疑，许多暴徒可能是军人。
后来，印尼一个妇女组织的主席奈达在接受路透电视节目采访时说：在雅加达的某个地方，强J案件是同时发生的，同一条街道上的妇女全都遭强J或者被X骚扰。暴徒先是闯进房子里，如果他们发现有两三名妇女的话，他们会向年纪最轻的下手，然后再纵火烧房子，这是有组织的。就像采取一项集体行动一样，每个地方所发生的强J案都是这样的。
奈达接着又说，暴徒闯进一户人家后开口便问：你的妻子呢？那个作为妻子的妇女逃到二楼，可是暴徒并没有放过她，她遭到3个男人的****。当时警察和军队就近在咫尺，不过，哪怕他们的呼救声叫得再响亮，再惨烈，而在一边的军警却纳着凉，帮歹徒鼓着掌，这个时候不要说向军警求救了，只望他们不要助纣为虐就行了。
更令人发指的是，这些印尼的人渣还当着华人妇女的丈夫兄弟面施行兽行，一些受害者竟然是尚未成年的孩子。
18岁的拉安妮永远也忘不了那个绝望的、求救无门的时刻，她悲痛欲绝地哭诉道：至少有5个男人当着袁阳爸妈叔叔的面轮J了袁阳的妹妹，袁阳当场晕倒。当袁阳醒来后，袁阳下身火烧般疼。4天以后，袁阳爸终于鼓足勇气告诉袁阳，在袁阳晕倒以后，袁阳妹妹因为反抗被暴徒乱刀捅死，叔叔也被杀死了。袁阳被7个男人轮J。印尼华人何罪？他们勤勤兢兢的工作，用自己勤劳的双手积累起了财富，却遭受洗劫，受到如此兽行，每次印尼发生权力斗争的时候他们都成了牺牲品。很长时间印尼政府对此采取坐视不理的态度，似乎有意使华人成为民众宣泄愤怒的替罪羊。
后来国际人权志愿组织报告指出，6个城市至少有168名华裔妇女遭到强奸，同时发现2244具被杀或被烧的尸体。依据印尼官方调查机构联合实情调查团的调查报告显示，当时印尼华人共有1250人死亡，24人受伤，85名妇女遭到强奸、****和******。但这一数字受到了广泛质疑，依据一些人权组织的估计，遭到强奸的华裔妇女应在千人以上。